在对法务部长官秋美爱针对“检媒勾结”案行使调查指挥权后，检察总长尹锡悦经过六天的思考于8日下午表态，但秋长官当即表示拒绝。尹总长建议成立包括首尔中央地方检察厅调查组在内的独立调查本部，由首尔高等检察厅检察长金荣大指挥，秋长官认为尹总长的建议“实际上是撤换、变更调查组”。尹总长提出的方案表面上接受了调查指挥的绝大部分，但让人难以抹去他试图避开“保障现有调查组的独立调查”这一核心问题的印象。
大检察厅解释说，尹总长的建议“尊重法务部长官的指挥，考虑了检方内外意见”。事实上，建议的内容也的确承认长官指挥调查的正当性，并接受了指示内容的相当部分，尤其是接受了检察内部提出抗议的“不允许检察总长指挥调查”部分。全国检察长恳谈会曾达成共识，认为“这实际上是让检察总长停职，因此是违法和不正当的”，但尹总长最终表示，不会进行调查指挥，只听取结果报告。从一开始，秋长官的指示从调查指挥权的本质看是完全可行的，因而这一结果可谓理所当然。
问题在于，秋长官指示“首尔中央地方检察厅调查组不受大检察厅等上级机关指挥，独立开展调查”，而尹总长拒不全盘接受该指示，建议成立一种新形式的调查单位。这只不过是一种变相的“特别检察官”筹码，而秋长官已经认定“特检”并非可选之项。调查本部的指挥者由总长提名，类似于总长任命的特别检察官。虽然说是调查本部包括现有的调查组，但完全可以撤换指挥者和安排其他检察官进入从而影响调查方向。在现有调查组表示“已掌握大量重要证据，接近了大部分实际真相”的情况下，这一举措只会给调查带来差池，最终令人怀疑其意图是想动摇积极调查该案的首尔中央地方检察厅指挥者和调查组。
尹总长“庇护亲信”的行为导致时隔15年后再度出现法务部长官行使调查指挥权，也引起许多社会争议。所以，尹总长最好还是完全接受长官有关保障现有调查组的独立性的指示，静候调查结果。
